答：不需要缴纳，实质上与销售使用过的车辆性质相同。

自然人股东将自己使用过的车辆投资入股，属于视同销售情形（视同销售：将自产、委托加工或者购进的货物作为投资，提供给其他单位或者个体工商户），符合其他个人销售自己使用过的物品免征增值税的规定，因此，可以免征增值税。

提示：自然人需要向主管税务机关代开免税的增值税发票作为公司计提折旧摊销的合法有效税前扣除凭证。