1.未通过税务备案的风险

由于税务机关对企业的实际情况颇为了解，其在企业申请减免税备案时，往往会根据企业申报备案提供的资料以及其多年来掌握的企业涉税情况，认真核实企业的各方面资质是否确实满足高新技术企业的要求。

  在税收任务日趋繁重的情况下，税务机关将在企业减免税备案方面加大审核力度，这客观上加大了企业税务备案的难度和不确定性，同时也加剧了企业未通过税务备案的风险。  

   2.在有效期内高新检查的风险  

2013年年初，科技部、财政部、國家稅務總局联合下发《关于开展高新技术企业认定管理工作检查的通知》，拟在全国范围内开展对高新技术企业认定管理工作的检查，相较于以往年度财政部、审计署等部门单独开展的针对某些区域的高新技术企业的专项检查、抽查工作，本次联合检查标志着主管机关在高新检查的检查方式、检查范围、检查力度等方面达到的新高度。

   在经济增速回落、市场需求不足、结构性减税等因素的影响下，上述文件的出台绝非偶然，在宏观经济没有明显的好转的情况下，未来几年高新检查的严峻趋势仍将持续。因此，尚处有效期内的高新技术企业面临的高新检查风险还是有的。